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Llamada de picos en CLIP: ¿Cuál es el efecto de la concentración de ARN?

Llamada de picos en CLIP: ¿Cuál es el efecto de la concentración de ARN?



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Espero que esté bien volver a publicar mi pregunta de hace 8 meses desde StackExchange: Bioinformatics, que todavía está en versión beta. https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/10730/peak-calling-in-clip-what-is-the-effect-of-rna-concentration


Pregunta:

Me gustaría preguntar cómo influyen las concentraciones de ARN en las diversas personas que llaman a los picos de CLIP en su evaluación de los picos. Las personas que llaman a los picos que me gustaría entender son: Piranha, CIMS, Paralyzer y el que se usa en eCLIP (CLIPper). (¡Después de semanas de investigación bibliográfica, todavía no puedo encontrar una respuesta!)


Más detalles:

Si la concentración de un ARN es demasiado baja, no se puede entrecruzar con la proteína probada y no se encontrarán picos de entrecruzamiento, independientemente de la persona que llama al pico e independiente de si habría puntos calientes de interacción fisicoquímica. (picos). (obviamente)

Pero, ¿cuál es la consecuencia de aumentar la concentración de ARN de un nivel "suficiente" a un nivel alto o extremadamente alto?

¿Cuál de las personas que llaman a los picos encontrará más picos en un ARN, mayor será su concentración y qué personas que llaman a los picos podrían considerarse robustos? (Robusto en el sentido de que la puntuación de los picos es independiente de la concentración de ARN. Además, el número de picos llamados de una interacción ARN-proteína en particular depende principalmente del número de "puntos calientes de interacción real" y no necesariamente aumentaría con la concentración .)

Supongamos también que la frecuencia / densidad de interacción es bastante uniforme (sin puntos calientes físicos): Entonces, ¿qué personas que llaman a los picos casi necesariamente comenzarían a llamar (más) picos, cuanto mayor era la concentración de ARN en el experimento?


Algunas consideraciones:

Sé que hay muchos ARN que no interactúan con ninguna proteína (en las bases de datos) y que hay algunos ARN que interactúan básicamente en todas partes a lo largo de su secuencia con casi todas las proteínas probadas. (¡Potencialmente esto se observa debido a dependencias de concentración!)

CIMS & Paralyzer, según tengo entendido, toman la tasa de mutación inducida por enlaces cruzados ajustada en los sitios específicos para evaluar los picos. Esta proporción (mutada / total), en teoría, me parece robusta.

Piranha, según tengo entendido, intenta ajustar los datos sin procesar a una suma de muchas funciones binomiales individuales, básicamente asumiendo la mayor parte de las lecturas como ruido de fondo, solo evaluando los picos locales en los recuentos de lecturas en relación con el fondo. Esto parece robusto a los efectos de concentraciones muy altas.

¡Estaría agradecido por cualquier comentario o referencia!


Ver el vídeo: ADN 701 4 de mayo (Agosto 2022).